A Paróquia São José (em Cafubá), por Decreto do Arcebispo Metropolitano de Niterói/RJ – Dom Frei Alano Maria Pena O.P., foi criada em 08 de fevereiro de 2008, tendo sido desmembrada da Paróquia de São Sebastião (em Itaipu). Ocorreu no mês de abril a missa de elevação de capela à dignidade de matriz, celebrada pelo vigário geral da época, Padre Valdyr, com o acolhimento do novo Padre João Luiz Franco Assumpção.

A Paróquia tem como sede a Igreja erigida em louvor a São José, passando à categoria de Igreja Matriz de São José e a ela pertencendo as Capelas de Santa Terezinha (em Camboinhas), Nossa Senhora da Penha (em Jardim Imbuí), Nossa Senhora de Bonsucesso (em Piratininga) e Santo Antônio (em Jacaré).

Fatos importantes marcam a história da Igreja São José, como a realização da bênção da Igreja, a Consagração do Altar e a bênção da Via Sacra, em 03 de fevereiro de 2001, quando ainda pertencia à Paróquia São Sebastião (em Itaipu), sendo na ocasião Arcebispo de Niterói – Dom Carlos Alberto – e Pároco – Padre João Pedro.
A referida Via Sacra compõe-se de vinte e dois quadros, dos quais constam as quatorze estações e oito complementares, confeccionados por artistas de Niterói, doados para fazer parte da iconografia religiosa da Igreja de São José, expressando, em estilo próprio, as relações do ser humano com o transcendental, de acordo com a fé Cristã, Católica Apostólica Romana.
Atualmente a Paróquia São José encontra-se sob o exercício do Pároco Padre Luiz Cássio Moreira, nomeado pelo Arcebispo Metropolitano de Niterói – Dom Frei Alano Maria Pena O.P., em 04 de novembro de 2011.